作为舟山群岛新区经济发展的核心区块，集聚区总规划面积约98平方公里，规划形成"一城诸岛"总体战略布局架构。其中，"一城"指中国（舟山）海洋科学城，"诸岛"指金塘岛、六横岛、衢山岛、舟山岛西北部、岱山岛西部、泗礁岛、朱家尖岛、洋山岛、长涂岛、虾峙岛等区块。规划打造海洋清洁能源、港口物流与港航服务、船舶与临港装备、临港石化、海洋旅游、现代渔业、水产品精深加工与海洋生物和大宗物资加工等八大产业集群。浙江舟山群岛新区海洋产业集聚区管委会下设舟山高新技术产业园区管委会、舟山港综合保税区管委会，三块牌子一套班子。集聚区管委会直接负责这两个区块约33平方公里的开发建设。各县（区）和其他金塘、六横功能区管委会负责其他区块的开发建设。