舟山高新区前身为舟山经济技术开发区，始建于1992年，2006年经国家发改委审核认定为省级经济开发区，公告面积2.5平方公里。2017年5月浙江省人民政府办公厅发文同意舟山经济开发区更名为舟山高新技术产业园区。舟山高新技术产业园区是浙江省级高新技术产业园区，规划总面积约27.5平方公里。其中一期11.5平方公里从2004年开始建设到现在产业布局已基本完毕，已形成了以高端临港工业、海洋医药（保健品）、海洋食品制造、新能源汽车零部件、精密机械制造为核心的五大支柱产业；二期16平方公里于2011年开始建设，目前已完成了6千米海堤建设，区域内2.4万亩海域已围填过半，已成陆部分正加快推进基础配套。将重点布局高端临港装备制造、清洁能源、物流集散、航空配件制造、海洋电子信息等产业板块。
区内先后引入百亿清洁能源项目——新奥LNG加注站，高端临港制造——富通海洋工程海底电缆项目，集海洋医药研发制造于一体——海力生海洋产业园，国家863科技成果转化项目——恒安泰海洋柔性管道项目等一批符合群岛新区产业定位的高新技术产业项目，已经成为全市新兴产业发展和科技创新的重要板块。
园区设置舟山群岛新区科创中心、孵化器、小微园区、大学科技园四大创业创新驱动板块，其中科创中心主要作为省“”、市“5313”领军人才团队园区初创、中试的培育核心区；孵化器和小微园区作为承接领军人才（团队）产业化培育、全市高新技术产业化培育核心基地，目前入区孵化以医疗器械制造、游艇制造、新能源设备制造等行业公司为主；舟山群岛新区大学科技园主要作为园区海洋生物技术、高端船舶与海洋工程装备技术、海洋资源综合开发利用技术、新能源、海洋电子信息技术等海洋新兴产业校企合作重点平台，浙江海洋大学现已入驻。
近年，我市启动国家高新区创建工作。申报中的国家高新区总规划面积114.54平方公里，形成“核心区+延伸区+联动区”三层次区域协同发展格局。其中：
一大核心区块（创新创业承载区）：以中国（舟山）海洋科学城、摘箬山海洋科技示范岛、南部新城生活商务区等为主体，总面积约13.04平方公里；两大延伸区块（产业功能承载区）：以舟山海洋产业集聚区、舟山船舶装备高新技术产业园区为主体，总面积约53.5平方公里；三大联动区块（产业功能承载区）：建设大小鱼山岛绿色石化基地、朱家尖岛的航空产业园区等联动区，总面积约48平方公里。