独山港经济开发区前身为平湖杭州湾滨海开发区。2003年7月，平湖市委、市政府决定，建立平湖杭州湾滨海开发区（平湖经济开发区滨海新区）；2004年6月，成立平湖市滨海地区城乡统筹管理委员会，2005年4月，平湖市委、市政府决定中共平湖市委滨海地区城乡统筹工作委员会更名为中共平湖市委独山港区开发建设工作委员会；平湖市滨海地区城乡统筹管理委员会更名为平湖市独山港区开发建设管理委员会，行使区内规划和综合经济管理职能，与全塘镇政府合署。2009年12月18日，经省人民政府批准，撤销原全塘、黄姑两镇建制，新成立独山港镇，与独山港区党工委、独山港区管委会合署，按照“区镇合一、以区为主”的管理体制运行。2013年，独山港纳入省级经济开发区管理序列，列入第三批浙江省现代服务业集聚示范区。2014年8月，正式升级为省级经济开发区，更名为“浙江独山港经济开发区”。