南浔镇是区委、区政府所在地，1999年由原南浔镇、东迁乡、马腰乡、横街乡、三长乡撤并而来。南浔区政府成立后，陆续将原属南浔镇所辖20村划归南浔经济开发区管委会管理，古镇区域划归古镇管理委员会管理，截止目前，南浔镇区域总面积为80平方公里，下辖32个行政村，8个居民社区，常住人口13.1万人，其中农业人口4.3万人,城镇人口3.8万人,外来人口5万人，耕地面积62250亩，基本农田48145亩。南浔镇先后被授予全国文明镇、国家卫生镇、中国历史文化名镇、中国魅力名镇、全国环境优美乡镇、全国特色景观旅游名镇、浙江省百强镇、浙江省森林城镇、湖州市工业强镇等荣誉称号。2014年，南浔镇被国家住建部等7个部委列入新一轮全国重点镇，并顺利通过全国义务教育发展基本均衡区和省级示范文明城区评估验收。南浔古镇成功申报世界文化遗产和国家5A级景区。城南城乡一体化发展试验区成功列入省农村改革试验区。